菌群失調(diào)是指由于某種原因(如濫用抗生素)，正常菌群中各種微生物的種類和數(shù)量可發(fā)生較大的變化。

菌群失調(diào)(dysbacteriosis)是指機(jī)體某部位正常菌群中各菌種間的比例發(fā)生較大幅度變化而超出正常范圍的狀態(tài)，由此產(chǎn)生的病癥，稱為菌群失調(diào)癥或菌群交替癥(microbial selection and substitution)。菌群失調(diào)時(shí)，多引起二重感染或重疊感染(superinfection)，即在原發(fā)感染的治療中，發(fā)生了另一種新致病菌的感染。菌群失調(diào)的發(fā)生多見于使用抗生素和慢性消耗性疾病等。臨床上長期大量應(yīng)用廣譜抗生素后，大多數(shù)敏感菌和正常菌群被抑制或殺滅，但耐藥菌則獲得生存優(yōu)勢(shì)而大量繁殖致病，如耐藥金黃色葡萄球菌引起腹瀉、敗血癥，對(duì)抗生素不敏感的白假絲酵母菌引起鵝口瘡、陰道炎、腸道和肛門感染。

根據(jù)失調(diào)的程度分為三度：

(一)一度失調(diào)：只能從細(xì)菌定量檢查上發(fā)現(xiàn)其變化，臨床上無明顯表現(xiàn)。在誘因停止后，不經(jīng)治療可自行恢復(fù)。

(二)二度失調(diào)：去除誘因后不可逆。在臨床上表現(xiàn)為慢性腸炎、慢性腎盂腎炎、慢性口腔炎或咽峽炎等。

(三)三度失調(diào)：原來的正常菌群大部分被抑制，只有其中的少數(shù)菌種成為優(yōu)勢(shì)菌，出現(xiàn)急性臨床表現(xiàn)，甚至病情兇險(xiǎn)。如難辨梭狀芽胞桿菌引起的抗菌藥物相關(guān)性腹瀉(抗菌藥物相關(guān)性腸炎、偽膜性腸炎)以及真菌性腸炎等。又稱菌群交替癥或二重感染。

三度菌群失調(diào)如果是發(fā)生在住院期間，且與住院后使用抗菌藥物有關(guān)，則屬于院內(nèi)感染;如果是病人在院外應(yīng)用了大量抗菌藥物，入院后出現(xiàn)了三度菌群失調(diào)，則不屬于院內(nèi)感染。