剛出生的嬰兒由于在子宮內(nèi)是處于無菌的環(huán)境，所以腸道內(nèi)是無菌的，出生后。細(xì)菌迅速從口及肛門侵入，2 h左右，其腸道內(nèi)很快有腸球菌、鏈球菌和葡萄球菌等需氧菌植入，以后隨著飲食，腸道就有了更多的不同菌群進(jìn)駐，3 d后細(xì)菌數(shù)量接近高峰[1]。而一個健康成人胃腸道細(xì)菌大約有1014個，由30屬、500種組成，包括需氧、兼性厭氧菌和厭氧菌。從來源上看，有常住菌和過路菌兩種，前者是并非由El攝入，在腸道內(nèi)保持穩(wěn)定的群體：而后者則由口攝人并經(jīng)胃腸道。常住菌是使過路菌不能定植的一個因素。

人體胃腸道各部位定植的細(xì)菌的數(shù)量和種類不同：胃內(nèi)酸度高，含大量消化酶，不適合細(xì)菌成長，所以胃內(nèi)菌數(shù)量很少，總菌數(shù)0～103個，主要是一些需氧抗酸性細(xì)菌，如鏈球菌、乳桿菌等。而小腸是個過渡區(qū)，雖然pH值稍偏堿，但含有消化酶，蠕動強烈，腸液流量大，足以將細(xì)菌在繁殖前沖洗到遠(yuǎn)端回腸和結(jié)腸，所以.小腸菌量在胃和結(jié)腸之間逐漸增多;空腸菌數(shù)105個，仍以需氧菌為主：回腸菌較多，總菌數(shù)103-107個。以厭氧菌為主，如擬桿菌、雙歧桿菌等;結(jié)腸內(nèi)菌量最多達(dá)1011～1012個，厭氧菌占絕對優(yōu)勢，占98%以上，菌種也達(dá)300多種。干大便的重量近1/3是由細(xì)菌組成[2-5]。

同一腸道，不同類菌的空間分布也不相同，總的來說，人體腸道菌群在腸腔內(nèi)形成3個生物層：深層的緊貼粘膜表面并與粘膜上皮細(xì)胞粘連形成細(xì)菌生物膜的菌群稱為膜菌群，主要由雙歧桿菌和乳酸桿菌組成,這兩類菌是腸共生菌，是腸道菌中最具生理意義的兩種細(xì)菌，對機體有益無害;中層為糞桿菌、消化鏈球菌、韋榮球菌和優(yōu)桿菌等厭氧菌;表層的細(xì)菌可游動稱為腔菌群。主要是大腸桿菌、腸球菌等好氧和兼性好氧菌[6]。

腸道菌群的種類和數(shù)量只是相對穩(wěn)定的，它們受飲食、生活習(xí)慣、地理環(huán)境、年齡及衛(wèi)生條件的影響而變動。

正常情況下,腸道菌群、宿主和外部環(huán)境建立起一個動態(tài)的生態(tài)平衡，對人體的健康起著重要作用。