雖然人體腸道微生物的主要組成類(lèi)群非常相似，但在不同個(gè)體間，不同微生物類(lèi)群的相對(duì)含量和種類(lèi)有很大差異。影響因素包括地域、年齡、生理狀況、飲食習(xí)慣等因素。

在地域方面，一項(xiàng)對(duì)來(lái)自非洲、南美和美國(guó)的人群展開(kāi)的研究表明來(lái)自不同地域的人們腸道菌群多樣性有巨大差異。國(guó)內(nèi)江南大學(xué)陳平老師等研究者都研究全國(guó)不同地域人群的腸道菌群，亦發(fā)現(xiàn)不同地域存在顯著差異。

在年齡方面，嬰幼兒的腸道微生物組成與成年人有很大不同。并且成年人隨著年齡增長(zhǎng)腸道菌群也會(huì)發(fā)生變化 ，比如老年人(65歲以上)腸道微生物中擬桿菌屬所占比例比年輕人(28～46歲)高出16%，且梭菌屬在兩者之間也存在著豐度差異。

從生理狀況角度，一項(xiàng)對(duì)孕婦腸道微生物組成的調(diào)查表明懷孕前3個(gè)月和后3個(gè)月的時(shí)間里，微生物組成發(fā)生了顯著改變;而接受長(zhǎng)期護(hù)理的患病老年人腸道微生物的菌群多樣性也顯著低于健康老人的菌群。

最需要重視的是，膳食因素也是改變腸道微生物的重要因素之一，更是最容易改變或控制的因素。不同人群由于飲食習(xí)慣的不同，攝入的膳食有很大不同，由此引起的腸道微生物組成、結(jié)構(gòu)與功能也會(huì)存在較大差異。腸道中主要菌群與飲食中蛋白、脂肪和碳水等營(yíng)養(yǎng)成分的占比有關(guān)，擬桿菌屬在以蛋白質(zhì)和脂肪為主要膳食成分的人群中占主導(dǎo)，而在以碳水化合物，膳食纖維類(lèi)，植物性飲食為主要膳食成分的人群中，普氏菌屬則占優(yōu)勢(shì)地位。此外，富含高飽和脂肪酸的膳食能影響腸道微生物組成，并增加亞硫酸鹽還原菌及沃氏嗜膽菌的比例。目前利用飲食調(diào)控腸道菌群的研究越來(lái)越多，眾多研究表明飲食可以快速并有效地實(shí)現(xiàn)菌群的調(diào)控。

當(dāng)腸道菌群處于健康狀態(tài)時(shí)，腸道內(nèi)的有益菌數(shù)量是有害菌的數(shù)千倍，致病菌或者條件致病菌數(shù)量很少，有毒代謝物不足以對(duì)人體健康產(chǎn)生影響。但當(dāng)菌群影響因素急劇變化，腸道內(nèi)有益菌數(shù)量大量減少，有害菌數(shù)量迅速增長(zhǎng)，腸道菌群平衡被打破，人體就會(huì)出現(xiàn)腹瀉、便秘、消化不良等癥狀。