人體腸道菌群指的是人體腸道中的數量龐大的微生物，包括細菌、真菌、古細胞甚至一些病毒。人類從出生后的數小時內，腸道中就有微生物的定殖，他們在腸道棲息，成人腸道內的微生物種類超過1000種，數量高達10^14，干物質量達到1.2kg，基因數約人體基因的150倍，同時也幫助人體完成多種生理生化功能。

腸道微生物大致可以分為三大類：有益菌、有害菌和中性菌。

有益菌，也稱為益生菌，主要是各種雙歧桿菌、乳酸桿菌等，是人體健康不可缺少的要素，可以合成各種維生素，參與食物的消化，促進腸道蠕動，抑制致病菌群的生長，分解有害、有毒物質等。

有害菌，數量一旦失控大量生長，就會引起代謝紊亂，產生有害物質，影響消化免疫及內分泌系統(tǒng)的功能，引發(fā)多種疾病。

中性菌，如大腸桿菌、腸球菌等，正常情況下對健康有益，如果大量增殖，或從腸道轉移，就可能導致身體不適及疾病的發(fā)生。

人體的健康與腸道內的益生菌群結構息息相關。在長期的進化過程中，通過個體的適應和自然選擇，菌群中不同種類之間，菌群與宿主之間，菌群、宿主與環(huán)境之間，始終處于動態(tài)平衡狀態(tài)中，形成一個互相依存，相互制約的系統(tǒng)，因此，在正常情況下，菌群結構相對穩(wěn)定，對人體表現為不致病。

目前腸道菌群中最方便或者最無創(chuàng)獲得的樣品是糞便樣品，所以目前的菌群研究中，腸道菌群多數情況下指的是糞便菌群。隨時近年來基因測序技術的發(fā)展，我們可以對腸道菌的組成和功能進行更全面的理解。

2005年，Eckburg等研究發(fā)現，腸道微生物主要屬于厚壁菌 門 、擬桿菌門、變形菌門、放線菌門、疣微菌門、梭桿菌門六大門，其中擬桿菌門和厚壁菌門為主要優(yōu)勢菌群。2010年，歐盟Meta HIT項目組發(fā)表了人體腸道微生物菌落的基因目錄，共計330萬個人體腸道元基因組的有效參考基因，約是人體基因組的150倍。從這一基因集中估計，人體腸道中至少存在著1000～1150種細菌，平均每個人體內約含有160種優(yōu)勢菌種。