隨著基因技術(shù)的發(fā)展，腸道微生物的生理功能逐漸在基因?qū)用娴玫搅税l(fā)掘和證實。2006 年美國基因組研究所對人體腸道微生物組進行宏基因組測序后，分析了腸道微生物的基因，與同源基因信息庫中其他微生物相比，腸道微生物基因組中有大量碳水化合物、氨基酸、維生素和脂肪代謝的基因，其中很大一部分是人體自身沒有的，這說明腸道微生物是代謝的不可或缺的參與者。并且這些代謝廣泛地影響著消化、內(nèi)分泌及免疫等系統(tǒng)的健康，與肥胖、2型糖尿病、自身免疫病及腫瘤發(fā)展及治療緊密相關(guān)。

上海交大趙立平教授的2012年的研究解釋了腸道菌群和肥胖之間的聯(lián)系。通過臨床的飲食干預(yù)實驗找到了與肥胖有關(guān)的細菌，并將其喂給老鼠，將它們的體重增加與沒有喂食細菌的老鼠進行比較。盡管后者得到高脂肪食物喂食，并被阻止鍛煉，卻沒有出現(xiàn)肥胖癥狀。

在迄今為止，已經(jīng)有大量的研究表明腸道菌群在2型糖尿病(或高血糖)發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮著重要作用。目前的多項研究已經(jīng)揭示了2型糖尿病人的腸道菌群與正常人群存在顯著差異;今年來趙立平教授及瑞典哥德堡大學(xué)的研究人員，通過臨床實驗、動物實驗及分子實驗分別證實了2型糖尿病的代謝通路，并且通過飲食可以迅速改善血糖。

加拿大的研究人員發(fā)現(xiàn)，生命早期接觸胃腸道細菌可幫助小鼠預(yù)防自身免疫性疾病。這項研究還揭示了類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎和紅斑狼瘡等自身免疫性疾病風(fēng)險高的原因。并且該研究鑒別了飼養(yǎng)于相同環(huán)境中的雌雄性小鼠正常腸道微生物之間的差別，并證實將雄性腸道細菌轉(zhuǎn)移到高遺傳風(fēng)險的雌性體內(nèi)可以預(yù)防自身免疫性疾病。

目前多項研究表明腸道菌群影響人體對癌癥治療藥物的反應(yīng)，包括聲名顯赫PD1單抗及部分化療藥物在內(nèi)的一些腫瘤藥物起效都與腸道菌群關(guān)系密切。目前臨床上在使用PD1抗體治療腫瘤時越來越強調(diào)菌群檢測。并且也有越來越多的研究表明腸道菌群也在部分肝癌及腸癌的發(fā)生發(fā)展中起著重要作用，一些種類的微生物還可能促進腸癌發(fā)生，不可盲目地補充益生菌。