腸道菌群參與人體的重要代謝過程，為人類的某些代謝過程提供各種酶和生化代謝通路。

如腸道菌群可以把不溶性蛋白質轉化為可溶性物質，將復雜的多糖轉化為單糖供人體吸收，參與酪蛋白水解，氨基酸的脫羥基、脫氨基作用，參與膽汁和膽固醇代謝等。

腸道微生態(tài)不僅是藥物的補充代謝通路，而且還能激活哺乳動物肝臟酶系統(tǒng)，因此腸道微生態(tài)的組成可顯著影響動物和人類對外來化合物如藥物的代謝過程，對個體化醫(yī)療有重要意義。