腸道正常菌群的存在對機體免疫刺激可以分為兩個方面。

其一是可以使宿主產(chǎn)生廣泛的免疫屏障。由于腸道細(xì)胞直接與腸道共生菌及外來過路菌相接觸，因此腸道細(xì)胞成為宿主的免疫屏障。如乳桿菌和雙歧桿菌，對宿主的免疫功能有增強作用，不僅活菌體有作用，菌體的破碎液和發(fā)酵液菌均有免疫活性。

另一方面，腸道正常菌群可以刺激宿主免疫系統(tǒng)的發(fā)育和細(xì)胞免疫的發(fā)生，使宿主固有的免疫系統(tǒng)對機會致病菌和共生菌進(jìn)行區(qū)分。一些有益菌具有激活吞噬細(xì)胞和派爾集合淋巴結(jié)(peyer patches)的細(xì)胞增殖功能。

近年來發(fā)現(xiàn)分段絲狀桿菌(segmented filamentous bacteria, SFB)與人體免疫密切相關(guān)，SFB可以促進(jìn)腸道Th17細(xì)胞的分化、成熟。雙歧桿菌和乳桿菌可以增強派爾集合淋巴結(jié)的淋巴組織，促進(jìn)B細(xì)胞的活性。無菌動物研究中還發(fā)現(xiàn)，無菌條件下飼養(yǎng)的動物腸黏膜淋巴細(xì)胞密度小，淋巴濾泡小，血液中免疫球蛋白IgA的循環(huán)濃度低，對疾病的易感性較高。